Spojovací chodbou je klášter spojen s kostelem sv. Petra a Pavla.

Se stavbou bylo započato v roce 1676 pod vedením stavitele Pavla Weinbergera na místě starého kostela z roku 1504. Dokončen byl po zničujícím požáru roku 1683 stavitelem Bartolomějem Hasslerem. Kostel je barokní jednolodní stavba, se dvěma bočními kaplemi a dvěma kvadratickými věžemi. Je 45 metrů dlouhý, v hlavní lodi 12 metrů široký a v presbytáři 9 metrů široký.

Středem celé svatyně je hlavní oltář, který je dílem pražského sochaře a štukatéra Jana Hennevogela. Autorem tohoto velikého je malíř Adam Enz z Benátek, který do středu tohoto obrazu postavil sv. Petra a Pavla (patrony kostela) v pevném postoji apoštolských knížat, vědomých si síly a jistoty svého poslání.

V kněžišti jsou umístěny chórové lavice, které věnoval novoříšskému chrámu Páně majitel budiškovického panství Max, svobodný pán z Cantelma. Zhotovil je jeho truhlář r. 1696 v Horní Slatině.

Vzácným řezbářským dílem nevídané krásy je kazatelna. Je neobvykle zavěšena na jižní straně v lodi. Farní kronika zná pouze příjmení jejího řezbáře, jmenem Arbeite.. Původ tohoto díla je možno klást do let 1704-1715.

Cenné zařízení kostela doplňují varhany, dílo novoříšského varhanáře Bedřicha Semráda z let 1764-1765. Varhany mají 23 rejstříků.

V kostele se také nachází boční kaple Panny Marie Bolestné, v které je umístěn milostný obraz, který při požáru roku 1683 byl nalezen ohněm netknutý. Od té doby se k Panně Marii Bolestné utíkají mnozí věřící a prosí o její přímluvu.

Za opata Josefa Bernarda Pelikána, zdejšího rodáka, vyzdobil v letech 1766-1767 Johann Lukas Kracker, člen vídeňské akademie, strop i stěny kostela freskami a obohatil jeho interiér i o další obrazy. Klenbu presbytáře kryje výjev, kdy Kristus předává sv. Petrovi klíče od Nebeského království (Mt 16,18-19). Čtyři figurální alegorie nad pilíři presbytáře znázorňují čtyři tehdy známé světadíly, ve kterých je hlásáno evangelium. Freska na klenbě hlavní lodi ukazuje úžasnou duchovní proměnu člověka Šavla z Tarzu na jeho cestě do Damašku (Sk 9,1-18). Tyto práce prozrazují zkušenou ruku a génia doby posledního mocného vzepětí barokního iluzionismu.

Konečně nelze opomenout křížovou cestu Františka Bílka a Viktora Förstra.

Prohlídka je součástí prohlídkové trasy A. Více o prohlídkách zde.